林关宁

长聘教轨副教授,博士生导师2016年起任职上海交通大学特别研究员,上海高校特聘教授(东方学者)。美国贝勒大学(Baylor University)计算机科学学士(2003.06)和硕士学位(2005.06);美国密苏里大学(University of Missouri)信息学博士(2010.12)。2010年底起在美国加州大学圣迭戈分校(University of California, San Diego)医学院从事博士后研究。长期从事神经疾病的病理和大数据分析相关的研究工作,具有非常丰富交叉学科背景知识和精神疾病研究经验。一直致力于利用高通量的-OMIC 生物数据组,通过计算信息学开发新的生物信息学计算生物医学方法,去深入了解精神疾病的分子机制、鉴定诊疗靶标。尤其擅长通过生物组学大数据,构建神疾病网络,并对其分析致病功能模块和通路,并进行实验验证。目标是开发神经系统和精神疾病,如自闭症、精神分裂症、双向情感障碍和强迫症等复杂性疾病的有效疗法。已在Neuron,Nature Communication,American Journal of Human Genetics,Bioinformatics, Cell等国际高水平杂志已发表SCI论文。


实验室网址:http://bmi.sjtu.edu.cn/

教育背景
2000-2004    学士, 计算机科学, 美国贝勒大学
2004-2005    硕士, 计算机科学, 美国贝勒大学
2005-2010    博士, 生物信息学, 美国密苏里大学
工作经历
2011-2016    博士后研究员, 基因组学, 美国加州大学圣地亚哥分校
2016-至今    特别研究员,博导,生物医学工程学院,上海交通大学
研究方向

生物信息学/计算生物学 在复杂型疾病及临床的应用,及生物组学和医学大数据挖掘与分析


科研项目
主持国家自然科学基金面上、国家重点研发计划子课题、上海市东方学者人才计划等
代表性论文专著
  1. Xue Jiang#,Jingjing Zhao#,Wei Qian,Weichen Song, Guan Ning Lin*A Generative Adversarial Network Model for Disease Gene Prediction with RNA-seq Data. IEEE Access. 2020 Feb 21. DOI: 10.1109/ACCESS.2020.2975585.
  2. Xiao Liu#, Weichen Song#, Brandon Y. Wong, Ting Zhang, Shunying Yu, Guan Ning Lin* and Xianting Ding*. A Comparison and Guideline of Clustering Methods for Mass Cytometry Data. Genome Biology. 2019 Dec 26;20:297.
  3. Lin GN*, Guo S, Tan X, Wang W, Song W, Qian W, Wang J, Cui DH*, Wang H*. PsyMuKB: A De Novo Variant Knowledge Base Integrating Transcriptional and Translational Information to Identify Isoform-specific Mutations in Developmental Disorders. Genomics Proteomics & Bioinformatics. 2019. Revised.
  4. Song W#, Zhang Y, Peng S, Zhang R, Ning A, Li H, Li X, Shen Y, Lin GN*Yu S*. Expression Alteration of microRNAs in Nucleus Accumbens is Associated with Chronic Stress and Antidepressant Treatment in Rats. BMC Medical Informatics and Decision Making. 2019 Dec 19;19(Suppl 6):271.
  5. Wang W, Corominas R, Lin GN*. De novo mutations from whole exome sequencing in neurodevelopmental and psychiatric disorders: from discovery to application. Frontiers in Genetics. 2019. doi: 10.3389/fgene.2019.00258.
  6. Pagel KA, Pejaver V, Lin GN, Nam HJ, Mort M, Cooper DN, Sebat J, Iakoucheva LM, Mooney SD, Radivojac P. When loss-of-function is loss of function: assessing mutational signatures and impact of loss-of-function genetic variants. Bioinformatics. 2017 Jul 15;33(14):i389-i398. doi: 10.1093/bioinformatics/btx272.
  7. Lin GN, Corominas R, Nam HJ, Urresti J, Iakoucheva LM. Comprehensive Analyses of Tissue-Specific Networks with Implications to Psychiatric Diseases. Methods Mol Biol. 2017;1613:371-402. doi: 10.1007/978-1-4939-7027-8_15. 
  8. Lin GN#, Corominas R#, Lemmens I, Yang X, Tavernier J, Hill DE, Vidal M, Sebat J, Iakoucheva LM. Spatio-temporal 16p11.2 protein network implicates cortical late mid-fetal brain development and KCTD13-Cul3-RhoA pathway in psychiatric diseases. Neuron. 2015 Feb 18;85(4):742-54. doi: 10.1016/j.neuron.2015.01.010. (Issue Highlights). 


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教学工作


1)2020.03-至今,生物医学统计基础,本科课程

2)2019.10-至今,学术规范与伦理,研究生课程

3)2018.7-至今,科技英语写作,研究生课程

4)2017.9-至今,医学生物信息学,本硕博贯通课



学术兼职


  1. 中国计算机学会 生物信息学专业委员会 委员
  2. IEEE国际生物信息学和生物医学会议(BIBM) 专委


荣誉奖励
第七届上海交通大学卓越教学奖
联系方式

邮箱地址:nickgnlin@sjtu.edu.cn

办公地址:教三楼 (Med-X研究院) 230室

网址:http://bmi.sjtu.edu.cn/