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赵小东

时间:2016-01-25

赵小东,上海交通大学生物医学工程学院教授,博士生导师。2003年获中国疾病预防与控制中心博士学位,并于同年底赴新加坡基因组研究所开展博士后研究。2008年赴英国剑桥大学医学研究所深造。2010年回国,现供职于上海交通大学生物医学工程学院,迄今为止在PNAS、Cell Stem Cell、Nature、Genome Biology等国际重要学术期刊上发表论文三十余篇,被引用总次数5600余次。近期研究成果被中国科学网及国际知名出版机构BioMed Central广为宣传。回国后获得国家自然科学基金、973计划等项目资助。

 

主要研究成果包括:1) 参与美国国立人类基因组研究所(NHGRI)发起的ENCODE计划,研发了基于高通量测序的PET技术并将其应用于功能基因组的研究;2)首次在人B淋巴瘤细胞全基因组范围内研究致瘤性转录因子MYC结合位点并构建其转录调控网络;3)在人胚胎干细胞内进行不同表观遗传修饰的研究,首次系统性揭示不同表观遗传修饰模式对胚胎干细胞的自我更新和发育多能性具有重要影响。

 

主要研究领域:

从事转录组学、转录调控网络和表观遗传学研究。其研究方向包括:1)干细胞表观遗传修饰及其生物学意义;2)肿瘤细胞转录调控网络。

 

代表性研究论文:

1.Zhang XL, Wu J, Wang J, Shen T, Li H, Lu J, Gu Y, Kang Y, Wong CH, Ngan CY, Shao Z, Wu J, Zhao X*. Integrative epigenomic analysis reveals unique epigenetic signatures involved in unipotency of mouse female germline stem cells.Genome Biol. 2016;17(1):162. doi: 10.1186/ s13059-016-1023-z. (IF:11.31)

2.Lai DP, Tan S, Kang YN, Wu J, Ooi HS, Chen J, Shen TT, Qi Y, Zhang X, Guo Y, Zhu T, Liu B, Shao Z, Zhao X*. Genome-wide profiling of polyadenylation sites reveals a link between selective polyadenylation and cancer metastasis. Hum Mol Genet. 2015, 1-8. (IF= 6.67)

3.Qi Y, Zhang X, Kang Y, Wu J, Chen J, Li H, Guo Y, Liu B, Shao Z, Zhao X*. Genome-wide transcriptional profiling analysis reveals annexin A6 as a novel EZH2 target gene involving gastric cellular proliferation. Molecular BioSystems. 2015. 11(7):1980-6. (IF= 3.18)

4.Kang YN, Lai DP, Ooi HS, Shen TT, Kou Y, Tian J, Czajkowsky DM, Shao Z, Zhao X*. Genome-wide profiling of untranslated regions by paired-end ditag sequencing reveals unexpected transcriptome complexity in yeast. Mol Genet Genomics. 2015; 290(1):217-24. (IF= 2.83)

5.Zhao X, Han X, Chew JL, Liu J, Chiu KP, Choo A, Orlov YL, Sung WK, Shahab A, Kuznetsov VA, Bourque G, Oh S, Ruan Y, Ng HH, Wei CL. Whole genome mapping of histone H3 Lys4 and 27 trimethylations reveals distinct genomic compartments in human embryonic stem cells. Cell Stem Cell, 2007; 1(3):286-9. (IF= 22.15)

 

科研项目:

1.国家自然科学基金(重大培育),小鼠雌性生殖干细胞全基因组范围H3K4me3和H3K27me3的研究,91019004,2011.1-2013.12.

2.国家自然科学基金(重大培育),胃MALT淋巴瘤转录调控网络的研究,91229123/H1603, 2013.1-2015.12.

3.科技部973计划,精原细胞向生殖干细胞和生殖细胞转化的机制研究,2013CB967402,2013.1--2017.12.

4.国家中医药管理局,基于转录调控网络分析的中药复方作用机理的研究,JDZX2012123,2013.1-2015.12.

5.国家自然科学基金面上项目,NUDT21在肝癌细胞中引起的poly(A)位点改变及其抑癌机理的研究,31671299,2017.01-2020.12.

 

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