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李华

时间:2016-01-25

李华,博士,特别副研究员。2010年于美国德州大学休斯顿健康科学中心和安德森癌症中心获得生物统计学与生物数学博士学位,期间发展和完善了基于网络拓扑学的蛋白功能的大规模预测。2011年获得美国德州癌症预防研究所资助于德州大学安德森癌症中心进行博士后研究,进行了异基因造血干细胞移植的免疫反应分析以及基于高通量测序的人类印记基因的预测。2012年开始在邵志峰教授领导的重点实验室开展基于高通量测序的人类以及酵母的基因组/转录组研究。

 

目前主要研究领域:

1) 高通量测序数据的生物信息学分析及其在精准医疗中的应用;2) 基于网络生物学的算法开发和功能预测;3) 人类和酵母的各类组学研究。

 

代表性研究论文:

Hua Li, Jingyi Hou, Ling Bai, chuansheng Hu, Pan Tong, Yani Kang, Xiaodong Zhao, Zhifeng Shao, “Genome-wide analysis of core promoter structures inSchizosaccharomyces pombe with DeepCAGE”, RNA Biology, 12:5, 525-537, 2015.

Hua Li, Pan Tong, Juan Gallegos, Emily Dimmer, Guoshuai Cai, Jeffrey J. Molldrem, Shoudan Liang, “PAND: a distribution to identify functional linkage from networks with preferential attachment property”, PLOS ONE 10(7): e0127968, 2015.

Ling Bai, Qi Wang, Hongmei Li, Ming Cheng, Ningbo Zhang, Hua Li, “5’-Cap selection methods and their application in full-length cDNA library construction and transcription start site profiling”, Journal of Shanghai Jiaotong University (Science), 19(5): 580-586, 2014.

Hua Li, Xiao Su, Juan Gallegos, Yue Lu, Yuan Ji, Jeffrey J Molldrem, Shoudan Liang, “dsPIG: a tool to predict imprinted genes from the deep sequencing of whole transcriptomes”, BMC Bioinformatics, 13:271, 2012.

Hua Li, Shoudan Liang, “Local Network Topology in Human Protein Interaction Data Predicts Functional Association”, PLOS ONE, 4(7): e6410, 2009.

 

科研项目:

 

基金

名称

项目编号

项目时间

担任角色

国家自然科学基金重大研究计划培育项目

非可控性炎症条件下正常胃上皮细胞向肠上皮化生恶性转化的精确动态转录因子调控网络研究

91229108

2013.1-2015.12

骨干

国家自然科学基金重大研究计划培育项目

胃MALT淋巴瘤转录调控网络的研究

91229123/H1603

2013.1-2015.12

骨干

教育部留学归国基金

裂殖酵母全基因组核心启动子的结构与功能研究

NA

2015.1-2016.12

主持

 

电子邮箱:  kaikaixinxin@sjtu.edu.cn    

办公电话:  021-34207341


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