上海交大生物医学工程专业自成立以来，以培养具有国际竞争力的学术创新及行业领军人才为目标，共计培养了1600余名本科毕业生及1500余名研究生毕业生。在老一辈生医工校友中，涌现出了迈瑞医疗副董事长成明和、深圳市理邦精密仪器股份有限公司总裁张浩、上海联影医疗科技股份有限公司董事长兼首席执行官张强等一批产业精英，成为中国医疗器械产业的中坚力量；也培养出美国NIH终身高级研究员杨一鸿、美国约翰霍普金斯大学放射系和生物医学工程系讲席教授陆汉璋等一批学术精英，活跃在生医工前沿研究的世界舞台上。同时，21世纪的新生代生医工校友也开始在产业界和学术界暂露头角，2013届博士奚岩创建了江苏一影医疗设备有限公司、2007届博士金鑫入选国家高层次人才成果丰硕。

生医工校友积极投身生物医药高端产业领域，为国家健康事业的发展做出积极贡献；同时秉承“饮水思源，爱国荣校”的校训，感恩母校，回馈母校。在以成明和、姚佳、胡昆为代表的众多热心校友的捐赠下，设立了“成明和姚佳教席基金”、“姚佳优秀教师奖励基金”、“生物医学工程校友奖助学金”、“80103班奖教金”、“80193班、80211班、80271班校友奖助学金”等校友基金，奖励优秀教师与学生，资助生医工的困难学生。生医工校友每年都会返校与师生座谈，为学院的学生培养、产业化、学科发展积极献策献力。