上海交通大学生物医学工程学院

林关宁

长聘教轨副教授，博士生导师，2016年起任职上海交通大学特别研究员，上海高校特聘教授（东方学者）。美国贝勒大学（Baylor University）计算机科学学士(2003.06)和硕士学位(2005.06)；美国密苏里大学（University of Missouri）信息学博士（2010.12）。2010年底起在美国加州大学圣迭戈分校（University of California, San Diego）医学院从事博士后研究。长期从事神经疾病的病理和大数据分析相关的研究工作，具有非常丰富交叉学科背景知识和精神疾病研究经验。一直致力于利用高通量的-OMIC 生物数据组，通过计算信息学开发新的生物信息学计算生物医学方法，去深入了解精神疾病的分子机制、鉴定诊疗靶标。尤其擅长通过生物组学大数据，构建神疾病网络，并对其分析致病功能模块和通路，并进行实验验证。目标是开发神经系统和精神疾病，如自闭症、精神分裂症、双向情感障碍和强迫症等复杂性疾病的有效疗法。已在Neuron，Nature Communication，American Journal of Human Genetics，Bioinformatics, Cell等国际高水平杂志已发表SCI论文。

实验室网址：http://bmi.sjtu.edu.cn/

教育背景

2000-2004 学士, 计算机科学, 美国贝勒大学
2004-2005 硕士, 计算机科学, 美国贝勒大学
2005-2010 博士, 生物信息学, 美国密苏里大学

工作经历

2011-2016 博士后研究员, 基因组学, 美国加州大学圣地亚哥分校
2016-至今特别研究员，博导，生物医学工程学院，上海交通大学

研究方向

生物信息学/计算生物学在复杂型疾病及临床的应用，及生物组学和医学大数据挖掘与分析

科研项目

主持国家自然科学基金面上、国家重点研发计划子课题、上海市东方学者人才计划等

代表性论文专著

Xue Jiang#，Jingjing Zhao#，Wei Qian，Weichen Song, Guan Ning Lin*. A Generative Adversarial Network Model for Disease Gene Prediction with RNA-seq Data. IEEE Access. 2020 Feb 21. DOI: 10.1109/ACCESS.2020.2975585.
Xiao Liu#, Weichen Song#, Brandon Y. Wong, Ting Zhang, Shunying Yu, Guan Ning Lin* and Xianting Ding*. A Comparison and Guideline of Clustering Methods for Mass Cytometry Data. Genome Biology. 2019 Dec 26;20:297.
Lin GN*, Guo S, Tan X, Wang W, Song W, Qian W, Wang J, Cui DH*, Wang H*. PsyMuKB: A De Novo Variant Knowledge Base Integrating Transcriptional and Translational Information to Identify Isoform-specific Mutations in Developmental Disorders. Genomics Proteomics & Bioinformatics. 2019. Revised.
Song W#, Zhang Y, Peng S, Zhang R, Ning A, Li H, Li X, Shen Y, Lin GN*, Yu S*. Expression Alteration of microRNAs in Nucleus Accumbens is Associated with Chronic Stress and Antidepressant Treatment in Rats. BMC Medical Informatics and Decision Making. 2019 Dec 19;19(Suppl 6):271.
Wang W, Corominas R, Lin GN*. De novo mutations from whole exome sequencing in neurodevelopmental and psychiatric disorders: from discovery to application. Frontiers in Genetics. 2019. doi: 10.3389/fgene.2019.00258.
Pagel KA, Pejaver V, Lin GN, Nam HJ, Mort M, Cooper DN, Sebat J, Iakoucheva LM, Mooney SD, Radivojac P. When loss-of-function is loss of function: assessing mutational signatures and impact of loss-of-function genetic variants. Bioinformatics. 2017 Jul 15;33(14):i389-i398. doi: 10.1093/bioinformatics/btx272.
Lin GN, Corominas R, Nam HJ, Urresti J, Iakoucheva LM. Comprehensive Analyses of Tissue-Specific Networks with Implications to Psychiatric Diseases. Methods Mol Biol. 2017;1613:371-402. doi: 10.1007/978-1-4939-7027-8_15.
Lin GN#, Corominas R#, Lemmens I, Yang X, Tavernier J, Hill DE, Vidal M, Sebat J, Iakoucheva LM. Spatio-temporal 16p11.2 protein network implicates cortical late mid-fetal brain development and KCTD13-Cul3-RhoA pathway in psychiatric diseases. Neuron. 2015 Feb 18;85(4):742-54. doi: 10.1016/j.neuron.2015.01.010. (Issue Highlights).

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教学工作

1）2020.03-至今，生物医学统计基础，本科课程

2）2019.10-至今，学术规范与伦理，研究生课程

3）2018.7-至今，科技英语写作，研究生课程

4）2017.9-至今，医学生物信息学，本硕博贯通课

学术兼职

中国计算机学会生物信息学专业委员会委员
IEEE国际生物信息学和生物医学会议(BIBM) 专委

荣誉奖励

第七届上海交通大学卓越教学奖

联系方式

邮箱地址：nickgnlin@sjtu.edu.cn

办公地址：教三楼 (Med-X研究院) 230室

网址：http://bmi.sjtu.edu.cn/