依托生物医学工程学科，上海交通大学和美国Drexel大学签署了双博士培养的协议。程琳是该双博士培养的第一位博士生，他于2012年9月开始攻读生物医学工程专业的博士学位，指导老师是童善保教授。经过在交大一年的学习后，于2013年10月前往美国Drexel大学进修，2015年12月完成在Drexel大学的学习回到交大。根据双博士项目协议，Drexel大学承认程琳在交大所修学分并且提供了全额奖学金，在学期间双方导师共同指导程琳的博士论文。

在完成了博士阶段的学习和工作以后，程琳在双方导师的指导下完成了博士论文，通过博士论文国际评审后，于2017年8月17日在Med-X研究院218会议室进行了博士论文国际答辩。博士论文题目为：Dynamic Adaptation of Brain Networks from Rest to Task and Application to Stroke Research，答辩委员会成员为：美国Drexel大学的Banu Onaral教授，澳大利亚Monash大学的Murat Yucel教授，上海市精神卫生中心的王继军教授，美国Drexel大学的Hasan Ayaz副教授和上海交通大学的孙俊峰副教授。在程琳详细介绍和展示他在博士期间的工作以后，答辩委员成员对程琳进行了全面的提问和考察，最后经过答辩委员会的讨论和投票，一致同意程琳通过博士论文答辩。通过答辩后，程琳将向双方学校提交博士论文申请双方的博士学位。

以生物医学工程学院牵头，上海交大还与德国海德堡大学、瑞典皇家理工学院、美国西北大学等海外一流大学签署了联合培养的双博士协议。